പ്രതികൾ തമ്മിലുള്ള ലൈംഗിക ബന്ധം കാണാൻ ഇടയായതുകൊണ്ടാണ് സിസ്റ്റർ അഭയയെ കൊലപ്പെടുത്താൻ കാരണമെന്ന് പ്രോസിക്യൂഷൻ. മൂന്നാം പ്രതിയായ സിസ്റ്റർ സെഫിയും ഒന്നാം പ്രതിയായ ഫാ. തോമസ് കോട്ടൂരും തമ്മിൽ ലൈംഗികബന്ധത്തിലേർപ്പെടുന്നത് അഭയ കാണാൻ ഇടയായെന്നും വിവരം പുറത്തു പറയാതിരിക്കാൻ പ്രതികൾ അഭയയെ കൊല്ലുകയായിരുന്നുവെന്നും പ്രോസിക്യൂഷൻ പറഞ്ഞു.
കൊലപാതകം നടത്തിയതിന്റെ ശക്തമായ തെളിവുകളും സാക്ഷി മൊഴികളും കോടതിക്ക് മുമ്പിൽ ഉണ്ടെന്ന് സി.ബി.ഐ പ്രോസിക്യൂട്ടർ, തിരുവനന്തപുരം സി.ബി.ഐ കോടതി ജഡ്ജി കെ.സനൽ കുമാർ മുമ്പാകെ വാദിച്ചു.
അഭയ കൊല്ലപ്പെട്ട ദിവസം പുലർച്ചെ പ്രതികൾ കോൺവെന്റിന്റെ ടെറസിന് മുകളിലേക്ക് കയറിപോവുന്നതായി കണ്ടുവെന്ന് മൂന്നാം സാക്ഷി അടയ്ക്ക രാജു സി.ബി.ഐ കോടതിയിൽ മൊഴി നൽകിയ കാര്യം പ്രോസിക്യൂഷൻ ചൂണ്ടിക്കാട്ടി.
1992 മാർച്ച് 27നാണ് തിരുവനന്തപുരത്തെ പയസ് കോൺവെന്റിലെ സിസ്റ്റർ അഭയ കൊല്ലപ്പെട്ടത്. പഠിക്കാനായി പുലർച്ചെ ഉണർന്ന അഭയ കോൺവെന്റിലെ അടുക്കളയിലെ ഫ്രിഡ്ജിൽ നിന്നും വെള്ളം കുടിക്കുന്നതിനായി പോയപ്പോഴാണ് അടുക്കളയോട് ചേർന്ന മുറിയിൽ പ്രതികളെ കണ്ടത്.