സിസ്റ്റർ അഭയയുടേത് ആത്മഹത്യയല്ല കൊലപാതകം തന്നെയെന്ന് പ്രാഥമിക അന്വേഷണത്തിൽ തന്നെ വ്യക്തമായിരുന്നതായി സിബിഐയുടെ ആദ്യ അന്വേഷണ ഉദ്യോഗസ്ഥനായിരുന്ന ഡി.വൈ.എസ്.പി വർഗീസ് പി തോമസ്. തിരുവനന്തപുരം പ്രത്യേക സിബിഐ കോടതിയിലാണ് വർഗീസ് പി തോമസ് മൊഴി നൽകിയത്.
1993ൽ ഡി.വൈ.എസ്.പി ആയ താൻ കേസ് എടുക്കുമ്പോൾ അസ്വാഭാവിക മരണത്തിനാണ് കേസ് എടുത്തത്. സിബിഐ ഹെഡ് ക്വാർട്ടേഴ്സിൽ നിന്ന് ലഭിച്ച നിർദേശപ്രകാരം എറണാകുളം ചീഫ് ജുഡീഷ്യൽ മജിസ്ട്രേറ്റ് കോടതിയിൽ രിപ്പോർട്ട് നൽകി. അന്വേഷണത്തിൽ മേലുദ്യോഗസ്ഥനായ എസ് പി ത്യാഗരാജന്റെ ഇടപെടൽ ഉണ്ടായപ്പോൾ സ്വമേധയാ വിരമിക്കലിൽ പ്രവേശിച്ചതായും വർഗീസ് പി തോമസ് പറഞ്ഞു.